A környezet a sziget történelme során több alkalommal is erősen károsult, így amikor 1988-ban Fernando de Noronha Pernambuco állam fennhatósága alá került, több mint 70%-át tengeri környezetvédelmi területté nyilvánították. A parkokat és a vízi látványosságokat a turisták most szerény belépő fejében látogathatják gondozott, kiépített ökoösvényeken, hozzáértő, általában helyi vezetők irányítása alatt.